O PDI trata-se do Programa de Desenvolvimento Institucional Integrado cuja adesão deu-se em 2018, numa parceria da Prefeitura de São José dos Quatro Marcos com o Tribunal de Contas de Mato Grosso (TCE-MT) e trabalha com ferramentas de gestão estratégica e planejamento junto aos serviços e demandas ofertados pelo governo municipal à população.
O PDI é um programa instituído pelo Tribunal de Contas de Mato Grosso com o objetivo de contribuir para a melhoria da eficiência dos serviços públicos, fomentando a adoção de um modelo de administração pública orientada para os resultados para a sociedade. O foco do PDI é o desenvolvimento integrado e permanente do TCE-MT e da Prefeitura Municipal, a partir da transferência de conhecimento, tecnologias e boas práticas de gestão.

O município de São José dos Quatro Marcos tem a sua adesão ao PDI desde 2018. Em 2021, a gestão municipal renovou o convênio junto ao TCE-MT, através do Termo de Adesão ao PDI nº 017/2021. Atualmente, o programa tem a seguinte composição:
Coordenador do Comitê Gestor do PDI - Ademilson Valverde Peres
Coordenação Geral do PDI - Juliana de Oliveira Teles Cabral Termo
Coordenadora do Projeto 1: Apoio ao Planejamento Estratégico: Diandra de Oliveira Santomé Libralão
Coordenador do Projeto 2: Incentivo ao Acesso à Informação e à Consciência Cidadã - Emerson Miler
Coordenadora do Projeto 3: Orientação por meio de Cursos Presenciais e a Distância - Meirivania Alves de Souza
Coordenador do Projeto 4: Controle Gerencial utilizando o Sistema Geo-Obras - Antônio Carlos Mariano Santiago
Coordenadora do Projeto 5: Modernização Institucional - Andressa Nunes de Almeida