Foi através de concurso público realizado em meados de 1980 pela prefeitura municipal de São José dos Quatro Marcos que se procedeu a escolha do brasão e da bandeira do município. Os vencedores foram Marcelo Claudino da Silva e João Bosco Franco (Brasão) e Lions Club (Bandeira). (...) O Brasão e a Bandeira são os símbolos oficiais de São José dos Quatro Marcos, que expressam em forma figurada, as características próprias do município. Eles foram instituídos pelo Decreto Nº 001 de 02 de Janeiro de 1985, na administração de Durvalino Peruchi, o primeiro prefeito eleito. (...) A Bandeira de São José dos Quatro Marcos foi confeccionada em tecido e possui quatro listas diagonais em formato de cunha nas cores verde, amarela, azul e vermelha as quais são separadas por riscas brancas. No canto superior esquerdo, sobre um fundo de cor branca, há um quadrado onde se localiza o Brasão. A estrutura da bandeira foi montada com base na formação étnica e cultural do município. Assim, os quatro marcos foram representados por quatro listas diagonais, como se fossem cunhas que abriram um sertão amazônico para a formação do município, então representado pelo Brasão, tendo em vista as cunhas se juntarem no canto superior esquerdo do pavilhão.

As cores da Bandeira Municipal representam a população formadora de São José dos Quatro Marcos, em termos culturais e étnicos oriundos de toda parte do Brasil. A paz com que chegaram é representada pelas divisões em branco; o verde é o povo vindo de regiões agrícolas; o amarelo, os que vieram em busca das riquezas minerais da região; o azul, representando os indivíduos originários de regiões turísticas; e o vermelho, a indispensável mão-de-obra não especializada, vinda de regiões mais carentes, mas que sem elas, não seria possível alcançar o pleno desenvolvimento local.